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R语言数据处理——tidyr包

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-14 热度：123

????在实际进行数据分析的过程中，我们常需要对数据进行一些相应的整理,“ tidyr 包”中的 gather（宽数据转为长数据）、 spread（长数据转为宽数据）、 unit（多列合并为一列）、 separate（将一列分离为多列）这四个函数为我们的数据整理提供了极大的便[详细]
R文本挖掘 | 如何在用户词库中添加搜狗词典？

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-14 热度：96

写在前面亲爱的小伙伴们！阔别大家将近10天，是不是等得有些着急了呢？本期大猫课堂将继续《R文本挖掘》系列，上节课中已经教大家如何用jiebaR分词包进行分词，本期将教大家一个更加进阶的分词功能：把搜狗专业词库添加进自己的用户自定义词典中。稍[详细]
lt;大数处理gt; 2016百度之星第二题

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-14 热度：143

链接：http://bestcoder.hdu.edu.cn/contests/contest_showproblem.php?cid=690pid=1002 Problem B ? ?Accepts: 2483 ? ?Submissions: 9088 ?Time Limit: 2000/1000 MS (Java/Others) ? ?Memory Limit: 65536/65536 K (Java/Others) Problem Description[详细]
《hadoop进阶》PeopleRank从社交关系中挖掘价值用户

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-12 热度：55

副标题#e# 转载请注明出处：转载自? Thinkgamer的CSDN博客： blog.csdn.net/gamer_gyt 代码下载地址：点击查看 1：PageRank 与 PeopleRank 2：需求分析：挖掘CSDN博客的价值用户 3：算法模型：PeopleRank算法 4：架构设计：从数据准备到PR算法的MR化 5：程[详细]
XTU 1247 Robb#39;s Problem

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-12 热度：138

思路：大数处理，可以用二维数组，也可以用Java的BigInteger来处理。我用的是Java，因为方便、快捷。 AC代码如下： import java.util.*;import java.math.*;public class Main{ final static int MAXN = 1005; public static void main(String args[]){ Sc[详细]
基因数据处理38之dbSnpId到omimId的映射表

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-12 热度：184

1.下载：首先收到【2】，来源是【2】【1】中有描述： You can also get those SNPs with an OMIM ID number by downloading from the dbSNP FTP site: the OmimVarLocusIdSNP table contains the information you need for your organisim of interest ([详细]
基因数据处理39之mango安装记录

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：140

更多代码请见：https://github.com/xubo245/AdamLearning 1解释 mango安装记录 mango主要是在adam上实现可视化平台 A scalable genome browser 2.代码： git clone https://github.com/bigdatagenomics/mango.gitcd mangomvn clean package -DskipTests[详细]
基因数据处理41之mango使用失败

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：186

hadoop@Master:~/xubo/tools/adam-2.10-0.19-git/bin$ mango-submit /xubo/mango/snap/datatest.fa.adam -read_files /xubo/mango/snap/datatest2.sort.bam.adam -var_files /xubo/mango/snap/datatest2.flt.vcf.adam -feat_file /xubo/mango/snap/datates[详细]
51NOD 1116 K进制下的大数(字符串取模 + 枚举)

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：171

传送门 1116 K进制下的大数基准时间限制：1 秒空间限制：131072 KB 分值: 20 难度：3级算法题收藏关注有一个字符串S，记录了一个大数，但不知这个大数是多少进制的，只知道这个数在K进制下是K - 1的倍数。现在由你来求出这个最小的进制K。例如：给出[详细]
poj3181 Dollar Dayz (DP+大数)

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：90

Dollar Dayz Crawling in process... Crawling failed Time Limit:1000MS???? Memory Limit:65536KB???? 64bit IO Format:%I64d %I64u Submit Status Practice POJ 3181 Appoint description: System Crawler (2016-05-27) Description Farmer John goes t[详细]
基因数据处理40之bedtools的安装和使用

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：181

1.下载： git clone https://github.com/arq5x/bedtools.git 2.编译： make 3.配置： cp * /usr/local/bin/ 4.运行： bam变成bed hadoop@Master:~/xubo/data/snap$ bamToBed -i datatest.sorted.bam datatest.sorted.bed 查看： hadoop@Master:~/xubo/data[详细]
基因数据处理42之mango问题_seqdict.avro不存在解决

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：96

副标题#e# 参考【1】中问题解决问题分析：这是新版本的问题：adam0.19.1目前在maven中心仓库没有解决办法： package org.gcdss.testimport java.io.Fileimport java.nio.file.Filesimport org.apache.parquet.hadoop.metadata.CompressionCodecNameimport[详细]
基因数据处理43之mango之503错误

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：67

HTTP ERROR: 503Problem accessing /. Reason: Service UnavailablePowered by Jetty:// 更详细请见： https://github.com/bigdatagenomics/mango/issues/181[详细]
基因数据处理44之cloud-scale-bwamem安装

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：185

cloud-scale-bwamem是在spark等云环境上实现bwa-mem算法，加速对全基因组匹配的处理 1.下载： git clone https://github.com/ytchen0323/cloud-scale-bwamem.git 2.编译： mvn clean package 3.编译成功： [INFO] ---------------------------------------[详细]
基因数据处理50之cs-bwamem、bwa、snap、bwa-mem与art比较

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：158

副标题#e# 直接看结果：（1）art仿真数据： hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ cat G38L100c50Nhs20.aln ##ART_Illumina read_length 100@CM art_illumina -ss HS20 -i GRCH38chr1L3556522.fna -l 100 -c 50 -o G38L100c50Nhs20[详细]
基因数据处理45之cloud-scale-bwamem安装（compile.pl安装有问题

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：139

脚本： hadoop@Master:~/xubo/tools/cloud-scale-bwamem$ cat compile.pl #! /usr/bin/perlsystem "mvn clean package";chdir "./src";system "mvn package -PotherOutputDir";chdir "./main/jni_fpga";system "mvn package -PotherOutputDir";chdir "../a[详细]
基因数据处理47之ART基因序列数据生成器（仿真）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：67

1.概念： ART基因序列数据生成器详细请见论文：【1】和官网【2】 2.下载： ART-bin-GreatSmokyMountains-04.17.16-Linux64.tgz http://www.niehs.nih.gov/research/resources/assets/docs/artbingreatsmokymountains041716linux64tgz.tgz 3.配置 sudo cp[详细]
基因数据处理49之cloud-scale-bwamem运行成功

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：113

副标题#e# 1.先使用art生成数据：请看前一篇 2.上传fastq到hdfs： hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ spark-submit --class cs.ucla.edu.bwaspark.BWAMEMSpark --master local[2] /home/hadoop/xubo/tools/cloud-scale-bwamem-0.[详细]
基因数据处理48之ART使用实例

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：144

副标题#e# 相关参数请见上一篇 1.使用实例1： hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ art_illumina -ss HS20 -i GRCH38chr1L3556522.fna -l 100 -f 20 -o G38L100F20Nhs20 ====================ART==================== ART_Illumina[详细]
求0至大数之间的随机数

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-11 热度：61

题目：给定一个String类型的大数(非负整数)，不能直接转化为Integer，类似如下要求 The numbers can be arbitrarily large and are non-negative. Converting the input string to integer is?NOT?allowed. You should?NOT?use internal library such as?B[详细]
??攻略｜13招神技让你在数据科学和数据分析工作中脱颖而出

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：143

副标题#e# 简介：我有幸在很早参与了一个大数据科学项目，我非常喜欢其中的工作，甚至我意识到我的努力可以增加一些公司的价值。然而，可悲的是，只有不到30%的数据科学项目最终实施了。我备受打击的意识到我的努力被浪费了。但是，我不是唯一的一个。几乎[详细]
基因数据处理46之cloud-scale-bwamem安装（compile.pl安装没问题

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：179

版本：https://github.com/ytchen0323/cloud-scale-bwamem/releases/tag/v0.2.1 1.需要设置spark路径： !--systemPath/cluster/spark/spark-1.3.1-bin-hadoop2.4/lib/spark-assembly-1.3.1-hadoop2.4.0.jar/systemPath -- systemPath/home/hadoop/cloud/sp[详细]
基因数据处理51之cs-bwamem集群版运行*

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：55

将master的local改为集群就可以了。集群运行结果：问题：匹配50条的时候，bwa和snap都是生成50条。但是cs-bwamem会生成492条，其中25和50条重读的很多，匹配位置不同。不知道为啥？记录： D:1win7javajdkbinjava -Didea.launcher.port=7538 "-Did[详细]
《剑指offer》:[16]打印1到最大的N位数

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：50

题目：输入数字N，按顺序打印从1到最大的n位十进制数。比如输入3，则打印出1、2、3一直到最大的三位数即：999. 乍一看这个题目很简单，我们很快就会写出下面的代码： void onetoN(int n){int number=1;for(int i=0;in;i++){number*=10;}for(int i=1;inumbe[详细]
基因数据处理52之cs-bwamem集群版运行（1千万条100bp的reads）

所属栏目：[大数据] 日期：2021-03-10 热度：128

副标题#e# 1.art生成模拟序列： art_illumina -ss HS20 -i GRCH38BWAindex/GRCH38chr1L3556522.fna -l 100 -c 10000000 -o g38L100c10000000Nhs20 2.上传到hdfs，制定partition数 spark-submit --class cs.ucla.edu.bwaspark.BWAMEMSpark --master spark://[详细]

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